1935年4月22日，国民政府教育部颁发《学位授予法》，这是我国研究生教育史上第一次由政府承认颁发学位。同年7月，国立北京大学研究院制定了招考章程。

1935年，北大授出了最早的两个硕士学位。这两位硕士学位获得者张鸿翔和盛代儒（女），都是1931年录取到国学门史学专业的研究生。两人不仅精于历史和目录之学，而且还结成了夫妻，相伴为学，同成大师。

1937年8月，北京大学奉教育部之命南迁，与清华和南开联合在长沙组成长沙临时大学。后学校南迁昆明，始称国立联合大学。被迫中断的研究生教育，两年后在昆明得以恢复。1939年夏，北京大学正式发布《国立北京大学研究院暂行办法》，决定北大继续办研究院，重新开始招生。研究院属北大系统，不在联大领导之下，所招收学生均属北大学籍。院长由北大校长蒋梦麟兼任。尽管三校分开招研究生，但相互都很尊重，教授都由联大招聘，统一配合，形成了“以济济多士，萃集一堂，研究学术，砥砺德业”　的局面。

1945年8月15日，学校决定利用寒假北返。1946年5月4日，国立西南联合大学举行了结业典礼。

发展篇：1949—1966

1949-1966年时期，是北京大学研究生教育的发展期。北大共招录研究生1100名，其中，数学物理学部的于敏、周光召、潘承洞、甘子钊、吴杭生、徐至展，化学部的王夔、程镕时、黎乐民、刘若庄，地学部的王颖，信息学部的杨芙清、秦国刚、夏建白、黄琳等当选为中国科学院的院士，唐孝炎、李泽椿、何新贵等当选为中国工程院院士，余敦康、李步云、胡庆钧、梁存秀、黄心川、蔡美彪等成为了荣誉学部委员。

1949-1966年中，北大录取人数最多的是1953年，招生总数为180名，而招生最少的1957年，全校仅招收了8名研究生。

1950年5月26日，教育部发出了《关于高等学校1950年度暑假招考新生的规定》，其中特别指出了“研究生的招考尤应注意与国家建设之密切联系，严格选择思想进步、学业优良、有研究能力及培养前途的青年”。

1951年6月11日，中科院与教育部联合发布《一九五一年暑期招收研究实习员、研究生办法》，计划在全国招收实习员、研究生500名，由于种种原因，实际录取276名。这一年，北京大学颁布了新的研究生招生简章，其中明确指出招生研究生的目的是“培养高等教育师资”以及“高级建设人才”。1951年北京大学采用申请推荐审查的办法进行招考，后改为统一招考为主，个别年度还有部分保送入学的研究生。

1952起，我国的高等教育主要借鉴了原苏联的教育经验，在全国范围内进行了院系调整。院系调整后，原北京大学、清华大学及燕京大学三校的文、理科本科生和研究生皆调整至北京大学，北大成为文理科基础教学和研究的综合性重点大学。也就是在1952年，北大由沙滩红楼迁至如今校址，即原燕京大学校址。11月，高等教育部聘请3位苏联专家来北大讲学，指导研究生的马列主义基础、政治经济学及俄语。

紧接着，北大制定了《1953年北京大学选拔留苏预备生的工作计划》，决定了由国家公派14名研究生赴苏留学，其中理科11名、文科3名。在1953年的11月27日，高等教育部发出了《高等学校培养研究生暂行办法（草案）》，规定研究生学习年限为2-3年。

1955年9月，北京大学颁布的《北京大学培养研究生暂行条例（草案）》详细规定了导师的工作量：培养两年制研究生，每位苏联专家指导30人为宜；培养三年制研究生，每位专家指导7人为宜；北大本校的教授、副教授每人培养6名研究生为宜。

1956年颁布的《中华人民共和国高等学校研究生条例（草稿）》，第一次提出了试行副博士研究生学位设置，学制四年。当年北大计划招收副博士研究生157人，实际招收98人。

1957年3月25日，高等教育部发出通知，决定不用“副博士研究生”名称，仍一律称为硕士生。因1956年起的各个高校的反右派斗争，全国招生人数从1956年的2235人减少到334人，而北大的招生人数也从1956年的98人减少到了8人。